En diciembre de 2006 se firmó la modificación en el Sistema de Asignación Tributaria entre el Estado y la Santa Sede, que entró en vigor en 2007. A partir de ese momento, la Iglesia dejó de tener una asignación directa en los Presupuestos Generales del Estado y se acordó facilitar esta casilla en la declaración de la renta para que la financiación de la Iglesia fuera voluntaria y solo participara quien quisiera hacerlo. De hecho, a día de hoy España es el único país de Europa que no tiene asignación directa por parte del Estado. Nuestro sistema, con la elección libre de la 'X' en la declaración de la renta, es el más respetuoso, el más solidario, el más democrático de toda Europa.
La presencia de la Iglesia en nuestro país también supone una contribución al desarrollo social y económico. La actividad de las diócesis y parroquias en España crea más de 65.000 empleos en un año. En concreto, el 80% de la contribución económica de la Iglesia católica repercute principalmente en los sectores de "Actividades sanitarias y servicios sociales", "Educación" y "Conservación y mantenimiento del patrimonio", entre otros. Por cada empleado directo de la Iglesia católica se generan 0,27 puestos de trabajo adicionales en la economía española.
La labor que realiza la Iglesia en nuestro país es muy variada y se realiza gracias al trabajo de miles de personas voluntarias, sacerdotes y seglares que colaboran en ella. Todo este tiempo que entregan es difícil de cuantificar económicamente. Se calcula que, alrededor de 45 millones y medio de horas se dedican en la Iglesia en España cada año a actividades pastorales, sacramentales y de atención personal. Gracias a este extraordinario despliegue de recursos humanos y materiales el dinero se multiplica. Por cada euro ingresado a través de la Asignación tributaria, la Iglesia genera un valor de 1,38 euros en la sociedad.
La Iglesia católica en España no tiene ningún privilegio, ni ningún régimen fiscal especial o único para ella sino que está sometida al régimen fiscal general que establece la Ley de Mecenazgo (Ley 49/2002) como el resto de entidades no lucrativas como son fundaciones, asociaciones de utilidad pública, confesiones religiosas, etc.
La Iglesia católica no tiene beneficios respecto a otras instituciones no lucrativas o confesiones religiosas. Desde el año 2007 paga el IVA en todas sus compras, ya que con la aprobación del Sistema de Asignación Tributaria la Iglesia decidió renunciar a la exención del IVA (hasta entonces no pagaba el IVA en las adquisiciones de bienes inmuebles y en las compras de objetos destinados al culto). Por otro lado, al igual que el resto de asociaciones de utilidad pública, ONG al desarrollo y otras instituciones, la Iglesia está exenta del pago del IBI en todas aquellas propiedades que estén destinadas a sus fines, y pagan IBI por todos aquellos bienes que no quedan explícitamente exentos en la ley.